Образована постановлением Священного Синода РПЦ в 1989 г. согласно решению Поместного Собора РПЦ 1988 г.
Ее деятельности предшествовала работа историко-канонической группы в рамках Юбилейной комиссии по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси.
Комиссия является координирующим научно-исследовательским органом, занимающимся подготовкой материалов к канонизации подвижников веры и представлением их Святейшему Патриарху и Священному Синоду. Комиссия привлекает к сотрудничеству в деле изучения вопросов канонизации архипастырей, богословов духовных школ, пастырей и мирян РПЦ.
Большое внимание уделяется научной деятельности: были выработаны критерии канонизации подвижников веры, определены подходы к канонизации новомучеников и исповедников Российских в связи с церковными разделениями XX в. Члены комиссии находятся в постоянном контакте с церковными и государственными архивами, хранящими документы Церкви.
Основным результатом деятельности комиссии явилась подготовка канонизации «поименно известных и доныне миру не явленных, но ведомых Богу новомучеников и исповедников Российских XX века» на Юбилейном Архиерейском Соборе 2000 г. (были прославлены поименно 1097 чел.), а в послесоборное время — включение решениями Священного Синода в состав сонма прославленных святых имен тех из них, подвиг которых изучен после Юбилейного Собора.